イヌリンは腸内細菌のエサとなる腸内フローラを改善する。不溶性食物繊維は便のカサを増し、腸壁を刺激する。また、イヌリンは、100%腸内細菌に利用される(同じ水溶性食物繊維である「難消化性デキストリン」は50％がエサとなるためイヌリンの方がおすすめ)